Reformacja na Śląsku Cieszyńskim przebiegała szybko i bezkrwawo. Nie było stosów, walk religijnych, a przedsięwzięte zmiany miały charakter naprawy, oczyszczenia o czym świadczy wydźwięk ewangelickich ustaw wydawanych na Śląsku Cieszyńskim . Religia luterańska przyjęła się w Księstwie dość szybko, choć społeczność katolicka zachowała pewne wpływy. W połowie XVI wieku Cieszyn był już przeważnie luterański podobnie zresztą jak większość Księstwa. Katolicką enklawą pozostawał jedynie znajdujący się na jego zachodniej rubieży Frydek (dziś w Czechach).
Ewangelicy posiadali około pięćdziesięciu kościołów, z których 16 wybudowali samodzielnie, a pozostałe przejęto z rąk katolickich na podstawie nakazu księcia Wacława Adama ( 1545 – 1579) Przejęciu kościołów przez ewangelików towarzyszył upadek klasztorów i życia zakonnego. W 1560 roku z rozkazu księcia przejęto znany klasztor benedyktynów w Orłowej. Podobny los spotkał nieco wcześniej bernardynów w Cieszynie.
Reformacja objęła wszystkie stany społeczeństwa. Początkowo rozwinęła się wśród szlachty i mieszczaństwa, później objęła duchowieństwo i chłopów. Zasady nowej wiary wśród ludności chłopskiej rozprzestrzeniały się początkowo wolno i z oporami, lecz ostatecznie dzięki jej konwersji przetrwały. Ideologia luteranizmu oparta na powołaniu, pracy dla siebie i dla ojczyzny odpowiadała chłopom (zwłaszcza bogatym) – w niej odnajdywali potwierdzenie swych codziennych wyrzeczeń i trudów
W okresie równowagi
Zahamowanie rozwoju nowego ruchu religijnego przyniósł rok 1610, kiedy to syn Wacława Adama: Adam Wacław ( 1597 – 1617 ) wstąpił na łono Kościoła katolickiego. Nowy książę wypędził z Cieszyna pastora Tymoteusza Łowczanego, którego sam niegdyś na to miejsce powołał, a protestancki porządek kościelny posiekał na oczach obywateli miasta . Kościół parafialny został ewangelikom zabrany; podobnie jak kościoły w miastach i miasteczkach podlegających książęcej jurysdykcji. Lepsze początkowo było położenie ludności ewangelickiej na wsi. Większość wsi podlegała bowiem szlachcie, która w przeważającej części pozostała protestancka.
Pierwsze powiewy kontrreformacji ustały szybko. Już w 1619 roku ewangelicy w Księstwie Cieszyńskim odzyskali większość utraconych poprzednio świątyń. Było to jednakże krótkotrwałe zwycięstwo. Dekrety i listy cesarskie strzegące praw ludności protestanckiej miały spłonąć w ogniu właśnie rozpoczynającej się wojny trzydziestoletniej (1618 – 1648).
Wojna trzydziestoletnia miała zakończyć się katastrofą dla śląskich ewangelików.. Początkowo jednakże nic na to nie wskazywało. Po wielkiej klęsce wojsk czeskich pod Białą Górą, stany śląskie, choć wspomogły Czechów i udzieliły poparcia królowi zimowemu Fryderykowi V to uniknęły gniewu cesarza. W akordzie drezdeńskim (1621) Śląsk uzyskał przebaczenie win w zamian za podporządkowanie się władzy cesarza.
Po bitwie białogórskiej wojna przeniosła się w głąb Niemiec i na Śląsk. Protestanckie wojska Ernesta von Mansfelda wkroczyły do Cieszyna (1626). Mansfeld znów zwrócił ewangelikom kościół parafialny, lecz wkrótce został zmuszony przez naciskającego go dowódcę katolików; Albrechta von Wallensteina do cofnięcia się na południe.
Wraz z triumfem strony katolickiej na Śląsku powtórzyły się represje i prześladowania znane wcześniej z Czech. Prezydent Komory Śląskiej; hrabia Hannibal von Dohna rozkazał zamknąć wszystkie kościoły, a pastorów i kaznodziei wydalić (1628). Wtedy to Bielsko musiał opuścić znany kaznodzieja luterański ks. Jerzy Trzanowski. Księżna Elżbieta Lukrecja, choć katoliczka; znana tolerancyjnego nastawienia wobec ludności protestanckiej została zmuszona do wydania statutu religijnego, który postanawiał, iż „nie będzie cierpianym ani dopuszczonym do cechu czy do zarządu miasta ani do handlu w mieście nikt inny jak tylko ten, który wyznaje wiarę katolicką” Ostre zarządzenie von Dohny odeszło jednak w niebyt wraz z odejściem wojsk cesarskich ze Śląska Cieszyńskiego.
Pewna nadzieja dla ewangelików cieszyńskich pojawiła się wraz z wkroczeniem Gustawa Adolfa w głąb Niemiec. Król szwedzki odniósł świetne zwycięstwa nad armią cesarską pod Breitenfeld (1631) i pod Lutzen (1632) gdzie poległ. Armia szwedzka wsparta przez wojska brandenburskie i saskie wkroczyła na Śląsk. Ewangelicy znów przejściowo odzyskali kościoły w miastach i miasteczkach. Wkrótce jednakże pozbawione dowództwa wojsko szwedzke uległo armii cesarskiej w bitwie pod Nordlingen (1634) a w kończącym „szwedzki okres wojny” pokoju praskim Śląsk utracił prawo do przywilejów uzyskanych na mocy akordu drezdeńskiego.
Od tego czasu wojna przybrała dla ewangelików cieszyńskich niekorzystny obrót, co kontrastowało z klęskami Habsburgów na głównych frontach. Traktaty pokojowe w Munsterze i Osanbrucku podpisane w 1648 wzmocniły Francję, Szwecja zyskała Pomorze Zachodnie, protestanci niemieccy wolność wyznania. Cenę ustępstw cesarza płacili ewangeliccy poddani Habsburgów. Pokój westfalski usankcjonował religijny podział Europy na mocy zasady cuius regio eius religio. Ewangelicy cieszyńscy uzyskali tylko zapewnienie, że nie będą zmuszani do opuszczenia miejsca zamieszkania z powodów wyznaniowych oraz prawo wychodzenia na nabożeństwa do krajów sąsiednich. Wszelkie pozostałe swobody zostały utracone. Wyrazem ich utraty stało się przeprowadzone w 1654 roku bezwzględne zamykanie kościołów. Rok wcześniej zmarła ostatnia z Piastów księżna Elżbieta Lukrecja, a Księstwo przeszło pod bezpośrednie panowanie Habsburgów. Ludność luterańską czekały ciężkie czasy.
Noc kontrreformacji
Druga połowa XVII wieku była dla cieszyńskich protestantów okresem największego ucisku. Władza cesarska i biskupia wszelkimi możliwymi sposobami starały się ograniczyć i tak bardzo skromne prawa przyznane ludności ewangelickiej na podstawie ugody munsterskiej. Prześladowania i ograniczenia praw miały bardzo różnorodny charakter. Do ewangelickich sierot powoływano katolickich opiekunów, zawarcie małżeństwa uzależniano od konwersji na wiarę katolicką, zakazano gwarantowanego w Munsterze wychodźstwa za granicę w celach religijnych. Krzewicielami religii rzymskiej stali się Jezuici powołani do Cieszyna w 1670 roku.
Szczególnie trudna była sytuacja ewangelików w miastach. Właśnie tam szczególnie ludności dała się we znaki działalność członków Towarzystwa Jezusowego. Jezuici w Cieszynie wyciągnęli z zapomnienia stary statut Elżbiety Lukrecji na mocy, którego ewangelicy mieli być w mieście nie cierpianymi i poczęli go bezwzględnie egzekwować. Przeprowadzono spis wszystkich mieszkańców. Ewangelikom dano pół roku na konwersję lub opuszczenie miasta. Ludności niekatolickiej nie udzielano ślubów i pochówków na cmentarzu. Zakazano używania ewangelickich ksiąg liturgicznych, a Jezuitom udzielono praw rewizji mieszkań i konfiskaty druków. Wskutek tak zdecydowanych działań Cieszyn już w 1679 roku był miastem katolickim. Podobnie Skoczów, Strumień, Frysztak i Jabłonków uległy kontrreformacji. Jedyną enklawą luteranizmu spośród miast pozostawało Bielsko.
Tylko nieco lepsze było położenie ludności ewangelickiej we wsiach. Tamtejsi protestanci uzyskali od cesarza prawa do zawierania ślubów, przeprowadzania pochówków i odbywania nabożeństw domowych.
Charakter równie różnorodny, co prześladowania miały formy oporu ludności ewangelickiej na Śląsku Cieszyńskim. Ewangelicy za wiarą wychodzili na nabożeństwa do Czech i na Słowację, odbywali nabożeństwa domowe, a góry i lasy rozbrzmiewały głosem ewangelickich pastorów. Skromne pozostałości ówczesnych leśnych „kościołów” do dziś istnieją w krajobrazie Beskidu Śląskiego. Najsłynniejsze z tych miejsc znajduje się na stokach Równicy, gdzie w 1904 roku wmurowany został pamiątkowy kamień. Inne leżą głęboko ukryte wśród beskidzkich lasów nieopodal szczytów Bukowej, Małej Czantorii czy Wysokiego nad Jaworzem. Wreszcie ewangelików strzegła ugoda munsterska, której cesarz nie mógł do końca zignorować.
Początki odwilży przyszły dla protestantów wraz z nieoczekiwaną zmianą sytuacji politycznej jaka nastąpiła w początkach XVIII wieku. Wówczas po raz ostatni zabłysła gwiazda króla Szwecji. Karol XII prowadził wówczas wojnę północną przeciw Saksonii, Rzeczpospolitej i Rosji. W 1707 roku po pokonaniu Sasów i zmuszeniu Augusta II do zrzeczenia się polskiej korony Szwedzi zdawali się być u szczytu powodzenia. Na fali tych sukcesów Karolowi XII udało się wymóc na cesarzu Józefie I znaczące ustępstwa na rzecz śląskich protestantów. Ewangelicy uzyskali swobodę nabożeństw domowych, zakazano ustanawiania katolickich opiekunów do ewangelickich sierot wreszcie zezwolono luteranom na wystawienie sześciu tzw. Kościołów łaski. Jeden z nich stanął w Cieszynie. Ukończona w ostatecznie w 1772 roku świątynia jest symbolem. Monumentalny mierzący