Oficer II Rzeczpospolitej
Posługiwał się również następującymi pseudonimami: "Lipek", "Franek", "Halny", "Marek", "Szubert", "Teodor", "Wodniak", "Żejmian", "Horyń", "Mejer".
Urodził się 27 października 1901 r. w ukraińskim Żytomierzu, jako syn stolarza. W swojej rodzinnej miejscowości dorastał, chodził do szkoły, zdał egzamin maturalny i w 1918 r. wstąpił do konspiracyjnej Polskiej Organizacji Wojskowej (POW). W rzeczonym okresie posługiwał się pseudonimem „Lipek”. W POW skończył szkołę wywiadu, prowadził działania o charakterze dywersyjnym na froncie, w okolicy Wołynia. W niedługim czasie został awansowany na komendanta Okręgu POW w Żytomierzu. Od czasów młodzieńczych walczył przeciwko bolszewikom, został przez nich aresztowany w 1919 r., udało mu się jednak zbiec z niewoli. W sierpniu 1920 r. wstąpił do Wojska Polskiego. Kurs wywiadowczy skończony przez Niepokólczyckiego dosyć szybko okazał się pomocny, bowiem w 1921 r. skierowano go do popularnej „dwójki”, czyli Oddziału II Wojska Polskiego zajmującego się wywiadem wojskowym. Następnie odbył kurs podoficerskim, późnej poświęcił się służbie w szeregu saperów. Lata 1925-1938 pełnił obowiązki oficera w 3. batalionie saperów wileńskich.
W obronie wolnej Polski
W chwili wybuchu światowego konfliktu zbrojnego, 1 września, 1939 r., gdy nazistowskie Niemcy uderzyły na Polskę, Niepokólczycki, już ze stopniem majora, dowodził 60. batalionem saperów armii „Modlin”. Jego oddział prowadził skuteczną walkę z niemiecką dywizją pancerną. Życie Niepokólczyckiego zmieniało się jak w kalejdoskopie. Jeszcze na początku września 1939 r., został on przeniesiony pod dyspozycję generała Juliusza Rómmla, dowodzącego armią „Warszawa”. Od początku zmagań wojennych aktywnie współdziałał w organizacji podziemnych struktur wojskowych. Po kapitulacji Warszawy, 28 września 1939 r., major dobrowolnie udał się do niemieckiej niewoli. Powrócił jednak do zajętej Warszawy, w połowie października, razem z 14 innymi oficerami. Byli oni ochotnikami, zamierzali podjąć działania konspiracyjne. Niepokólczycki został mianowany oficerem dywersji i sabotażu w Oddziale III Sztabu Służby Zwycięstwu Polsce (SZP), organizacji stworzonej 27 września 1939 r., zatem jeszcze podczas oblężenia Warszawy, na rozkaz generała Rómmla.. Dowódcą SZP został generał Michał Karaszewicz-Tokarzewski. Formację wkrótce przekształcono w Związek Walki Zbrojnej (ZWZ). Niewątpliwie major Niepokólczycki był jedną z pierwszoplanowych postaci konspiracji wojskowej, tworzonej w ramach Polskiego Państwa Podziemnego (PPP). Organizował Związek Odwetu, organizację sabotażowo- dywersyjną, którą powołano do życia dokładnie 20 kwietnia 1940 r., rozkazem komendanta ZWZ, płk Stefana „Grota” Roweckiego, której major został dowódcą. Związek stawiał sobie za cel walkę bieżącą z okupantem. Był częścią składową ZWZ, jednakże ze względu na bezpieczeństwo tej komórki jak i całej organizacji, został z niej wyodrębniony jako pion dywersyjno- sabotażowy. Do 1942 roku zajmował się działalnością w ZO, następnie był szefem Wydziału Saperów Komendy Głównej Związku Walki Zbrojnej, przekształconego decyzją Naczelnego Wodza Polskich Sił Zbrojnych, gen. Władysława Sikorskiego, 14 lutego 1942 r., w Armię Krajową. Od tego czasu przemianowano go na podpułkownika, w roku 19444 r. został pułkownikiem. Organizował również Biuro Studiów Środków Walki Sabotażowo- Dywersyjnej, Biura Badań Technicznych oraz współtwórca Kedywu- Kierownictwa Dywersji. W styczniu 1943 r., mianowano go zastępcą Augusta Fieldorfa „Nila”. Był głęboko zaangażowany w najważniejszych misjach AK, jako długoletni, doświadczony oficer predestynowany był do kolejnych kluczowych posunięć żołnierzy konspiracyjnych. Przejął koordynowanie akcję mającą bardzo ważne dla Komendy Głównej Armii Krajowej- organizacji pomocy powstańcom w getcie warszawskim, które wybuchło 19 kwietnia 1943 r., w dniu żydowskiego święta paschy. Co zrozumiałe, pułkownik Franciszek Niepokólczycki brał też czynny udział w Powstaniu Warszawskim, rozpoczętego 1 sierpnia 1944 r. Dowodził w nim saperami, oraz był szefem produkcji uzbrojenia i materiałów wybuchowych. Po jego załamaniu pułkownik po raz drugi znalazł się w hitlerowskiej niewoli, w styczniu 1945 r. się z niej wydostał. Powrócił do Polski, początkowo mieszkając w Częstochowie.
Konspiracja powojenna
Koniec wojny nie odznaczał dla Niepokólczyckiego zakończenia działań konspiracyjnych, bowiem okupację hitlerowską zastąpiono sowiecką. Będąc cały czas wierny swoim ideałom, dla wywalczenia dla Polski realnej niepodległości, wolnej od sowieckich bagnetów i terroru stosowanego przez NKWD, pułkownik przystąpił do organizacji zbrojnego oporu.19 stycznia 1945 r. rozwiązano Armię Krajową, mocą decyzji generała Leopolda „Niedźwiadka” Okulickiego. W ostatnim rozkazie do swych żołnierzy napisał: „Daję Wam ostatni rozkaz. Dalszą swą pracę i działalność prowadźcie w duchu odzyskania pełnej niepodległości Państwa Polskiego i ochrony ludności polskiej”. Był to czytelny przekaz, że chociaż wojnę uznano za przegraną, mimo że formalnie Polska wychodziła z niej jako zwycięska, należało w dalszym ciągu prowadzić walkę, teraz przeciwko okupantowi radzieckiemu. Armię Krajową rozwiązano, głównie z powodu ochrony żołnierzy przed represjami ze strony sowieckiej. Walka miała zostać kontynuowana, zmieniono jej tylko ramy organizacyjne. Już na samym początku formowania nowych grup konspiracyjnych, uderzono w nie z niewiarygodnym impetem. Porwanie, z dnia 27 na 28 kwietnia 1945 r., następnie pokazowy proces „16” przywódców Polskiego Państwa Podziemnego był niewiarogodnym wprost wstrząsem dla całego obozu niepodległościowego. Po aresztowaniu gen. Okulickiego, komendanta powstałej w miejsce AK organizacji „NIE” ( od skrótu Niepodległość), i tą organizację uznano za zdekonspirowaną, i zastąpiono Delegaturą Sił Zbrojnych na Kraj (DSZ), powołaną 7 maja 1945 r., rozkazem gen Władysława Andersa. Pułkownik rozpoczął działalność w DSZ na terenie Warszawy, jednak szybko zorientowano się, że jest tam za bardzo znany, co mogłoby skutkować realnym niebezpieczeństwem dla jego życia, w obliczu terroru stosowanego przez UB i NKWD, przeniesiono go na inny teren. Został zastępcą płk Antoniego „Kortuma” Sanojcy, szefa Obszaru Południowego DSZ. W szybko zmieniającej się sytuacji międzynarodowej Niepokólczycki nadal był gorącym zwolennikiem działań zbrojnych przeciwko komunistom. Jednak w konfrontacji z działaniami Stalina , starającego się o legitymizację przez państwa zachodnie marionetkowego ośrodka dyspozycyjnego w Polsce, działalność konspiracyjna musiała być prowadzona z uwzględnieniem wszelkich środków ostrożności. 28 czerwca 1945 r. cel Stalina został zrealizowany. Wtedy to, bowiem powołano Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej,w którym najważniejsze funkcję ministerialne pełnili komuniści, z uwzględnieniem tzw. „resortów siłowych”: bezpieczeństwa publicznego, obrony narodowej etc. Został on uzupełniony działaczami krajowymi, i legalnego rządu londyńskiego, w tym byłym premierem Rządu na Uchodźstwie, Stanisławem Mikołajczykiem z Polskiego Stronnictwa Ludowego. Uformowanie TRJN spowodowało zniesienie dwuwładzy w Polsce, ponieważ państwa zachodnie cofnęły swe poparcie dla rządu londyńskiego premiera Tomasza Arciszewskiego, i komuniści mogli już bez formalnych przeszkód sprawować rządy. Spowodowało to wyraźnie zarysowujący się kryzys w koncepcjach działaczy niepodległościowych. 6 sierpnia rozwiązano DSZ, i w ten sposób zerwano ciągłość organizacyjną i personalną z konspiracją wywodzącą się jeszcze z okupacji hitlerowskiej. Powstały dwie koncepcje ideologiczne: część obozu narodowego chciała zachowania zasadniczych zrębów PPP, kontynuować walkę przeciwko komunistycznej dyktaturze; druga linia była reprezentowana przez środowisko byłej AK. Dążyli oni do skierowania oporu bardziej na działania polityczne, propagandowe i polityczne, współpracując w tym zakresie z jawną opozycja w kraju, uosabianą głównie przez PSL. Pierwsi uznawali Rząd RP w Londynie za jedyny konstytucyjnie powołany do sprawowania władzy, drudzy podporządkowali się TRJN, nastawili się na wspieranie Stanisława Mikołajczyka w mających się odbyć wyborach parlamentarnych. Jednakże rozwiązanie DSZ w sierpniu 1945 r., nie oznaczało końca konspiracji. Inicjatywa utworzenia Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość” powstała w wyniku braku zgody działaczy podziemia na kapitulację wobec komunistów i ZSRR. W gronie osób będących założycielami WiN, oprócz pułkownika Jana „Prezesa” Rzepeckiego, znalazł się też Niepokólczycki. Przy budowie struktur organizacji Rzepecki opierał się przeważnie na sprawdzonych ludziach, siedzących razem z nim w niemieckim więzieniu w Woldenburgu- Antonim Sanojcy i Franciszku Niepokólczyckim, oraz na podkomendnych z czasów kierowania Biurem Informacji i Propagandy KG AK. Formalnie WiN powstała 2 września 1945 r.
Przy tej okazji warto wspomnieć o odezwie, deklaracji ideowej Zrzeszenia. Napisano w niej: „Szósty rok wojennej zawieruchy przyniósł nam uwolnienie z nienawistnego niemieckiego jarzma i wprowadził wielkie zmiany w międzynarodowym położeniu Polski, jej stanie zewnętrznym, ale wytworzone przez nie warunki życia obywatela polskiego dalekie są od tego obrazu, który mieli przed oczyma ginący żołnierze Polski Podziemnej. Wierni jej testamentowi podejmujemy polityczną walkę o jego urzeczywistnienie. Nie naszą winą jest, że podstawowe prawo polskiego obywatela w demokratycznym państwie- prawo zrzeszania się- musimy realizować w postaci tajnej”. Projekt struktury stworzył Sajnoca. Pierwszym prezesem WiN został Jan Rzepecki, a Niepokólczycki, podobnie jak miało to miejsce w DSZ, został początkowo zastępcą Sajnocy na obszarze południowym. Jednak sytuacja szybko się zmieniła, gdyż na przełomie października i listopada 1945 r., wielu członków I Komendy WiN zostało aresztowanych. Wielu działaczy I ZG WiN, w tym Rzepecki i Sajnoca, prawdopodobnie zadenuncjowanych przez działaczkę niepodległościową Emilię Malessę, która zwątpiła w sens dalszej konspiracji, i zapewniona przez Dyrektora Departamentu Śledczego MBP- Józefa Różańskiego, że żadna z ujawnionych przez nią osób nie będzie aresztowana. Słowa te były od początku nic nie warte, skutkiem czego aresztowanie Rzepeckiego i Sajnocy. Kontynuacją dramatu działaczy WiN i samego Rzepeckiego, była jego postawa. On to, podobnie jak Malessę, zapewniony przez funkcjonariuszy UB o nierepresjonowaniu działaczy WiN, ujawnił struktury organizacji i osób z nią związanych, co skutkowało dalszymi aresztowaniami, gdyż komunistyczna policja polityczna oczywiście nie zamierzała dotrzymywać danego słowa. Niepokólczycki również był na liście osób gotowych do aresztowania, jednak uratował się przed aresztowaniem dosłownie w ostatniej chwili, uciekając z mieszkania przez okno. Rzepecki dążył do bezwzględnego zakończenia konspiracji, nakazał oddanie w ręce MBP wszystkich środków finansowych, drukarni, oraz całości posiadanego sprzętu technicznego i broni. Natrafiło to na głęboka nieufność pozostałych członków organizacji. Jednakże rozbicie I ZG WiN i ujawnienie części jej struktur nie spowodowało przerwania działalności. Pułkownik Niepokólczycki, który po aresztowaniu Sajnocy pełnił funkcję Prezesa Obszaru Południowego dążył do opanowania sytuacji w WiN. Niedługo potem nastąpiły kolejne aresztowania ludzi, z którymi Niepokólczycki ściśle współpracował: Ludwika Muzyczki oraz Józefa Rybickiego. Podczas odprawy w Zabrzu, początkiem stycznia 1946 r. doszło do wyboru „Teodora” na stanowisko kolejnego prezesa, II Zarządu Głównego WiN. Pomimo wielkich strat spowodowanych denuncjacją członków organizacji, Niepokólczyckiemu udało się odbudować struktury Zrzeszania. Za czasów jego prezesury osiągnęło ono największą siłę oddziaływania. W tym okresie organizacja liczyła ok. 30 tys. członków. Zreorganizował i rozbudował on sieci wywiadowcze WiN, oraz nawiązał kontakty z działaczami londyńskimi- Sztabem Głównym Polskich Sił Zbrojnych i rządem RP na Uchodźstwie. Uwierzono wtedy ponownie w możliwość skutecznej walki przeciwko narzuconej władzy komunistycznej. WiN nawiązało kontakt z placówkami dyplomatycznymi Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych. Z tym związane jest doniosłe wydarzenie opracowania „Memoriału WiN do Rady Bezpieczeństwa ONZ”. Został on przekazany poprzez emisariuszy Niepokólczyckiego. Opisywał on sytuację w kraju opanowanym przez komunistów. W czasie prezesury Niepokólczyckiego udało się stworzyć prężenie działającą organizacje, która regularnie raportowała o sytuacji w Polsce do Delegatury Zagranicznej WiN, a przez nią trafiające do przedstawicieli Wielkiej Brytanii i USA. Zrzeszenie na gruncie krajowym prowadziło intensywną kampanię propagandową przeciwko władzy, wydawało podziemną prasę, prowadziło akcje ulotowe. Organizowano specjalne akcje na funkcjonariuszy państwowych oraz UBP, by zastraszyć. Powołano do życia tzw. „komórki legalizacyjne” ,a zajmowały się one wyrabianiem fałszywych dokumentów by odpowiednie osoby mogły skutecznie żyć w konspiracji i bez niebezpieczeństwa rozpoznania ich przez nieodpowiednie organy.
Idea „referendum ludowego” i przedstawienie trzech pytań, na jakie społeczeństwo miało się wypowiedzieć, zmusiło kierownictwo Zrzeszenia do obmyślenia strategii działania, odpowiednie ustosunkowanie się do referendum jak i pytań. Na jednej z narad ZG WiN zapadła decyzja, by prowadzić akcję propagandową, na rzecz głosowania 2 razy Nie. Było to niezgodne z celem Zrzeszenia, które miało wspierać siły opozycyjne względem komunistów- PSL. Wydawało się pewne, że w referendum Win poprze PSL. Tak jednak nie stało. Ostatecznie, po sfałszowaniu wyników referendum przez komunistów, zaczęto też, już w sposób widoczny, rozprawę z opozycją polityczną , w postaci PSL. Na kierownictwo Zrzeszenia również spadły nieoczekiwane ciosy ze strony MBP. Dramatyczna była sytuacja aresztowanego 22 sierpnia, E. Bzymka- Strzałkowskiego. Kilka dni po aresztowaniu, chcąc popełnić samobójstwo, wyskoczył przez okno z 3 piętra, łamiąc sobie obie ręce, nogę i żebra. Wedle relacji Józefa Światły, odratowano go tylko pod warunkiem wydania podwładnych. Zaczęły się masowe aresztowania legalnej opozycji. Taki los dotknął m.in. Karola Buczka- redaktora naczelnego „Piasta”, jednego z organów PSL, a także Stanisława Mierzwę, członka Rady Naczelnej i Naczelnego Komitetu Wykonawczego PSL. Równocześnie zaczęły się zatrzymania członków WiN. Masowe represje dotknęły i samego Niepokólczyckiego, który w wyniku zdrady, został ujęty 22 października 1946 r., w Zabrzu. Początkowo sprawę prowadziło MBP w Warszawie, jednak już miesiąc później, Niepokólczyckiego przetransportowano do Krakowa, gdzie od kilku miesięcy przesłuchiwano jego podkomendnych.
Proces krakowski
Komuniści oczywiście próbowali przeciągnąć Niepokólczyckiego na swoją stronę , podobnie jak miało to miejsce na przykład z Rzepeckim. Odpowiedź „Teodora” było jednoznaczna, dobrze oddaje to jego wypowiedź: „ Dowódcy wojskowi na tak wysokich stanowiskach, na jakich ja byłem, czasami znajdują się w takich sytuacjach, że powinni zdecydować się zginąć, ale nie wolno im kapitulować lub robić woltę. […] Trzymałem się tej zasady- można samemu przegrać, ale nie można utrudniać sytuacji innym”. Do końca trzymał się swoich zasad, postanowił nie obciążać w jakikolwiek sposób swoich podwładnych, całą winę wziął na siebie. Podkreślał, że wykonywali oni rozkazy z jego polecenia, i to on jest za nie odpowiedzialny. W odróżnieniu od Rzepeckiego nie dał się jednak omamić obietnicami funkcjonariuszy UB: „ Miałem wyjść w ogóle bez procesu w marcu 1947 r., i to z wielkim hukiem, bo z awansem generalskim, Virtuti Militari IV klasy, Orderem Krzyża Grunwaldu itp. Posłyszano ode mnie w tej sprawie- nie”. Znamiennym jest fakt, iż ta niezłomna postawa pułkownika, zapewne przyczyniła się do zmiany kwalifikacji czynów w akcie oskarżenia. Dodano tam, bowiem zapis o szpiegostwie, a przyczyniło się do tego też rozbicie struktur Brygad Wywiadowczych i II ZG WiN. Zapis ten spowodował, że oskarżonych w bardzo znikomym stopniu objęła amnestia z 22 lutego 1947 r.
Sam proces odbywał się od 11 sierpnia do 10 września 1947 r., przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Krakowie. Na ławie oskarżonych zasiadło 17 osób, a wśród nich: Franciszek Niepokólczycki- prezes II ZG WiN, Edward Bzymek-Strzałkowski- szef BW WiN, Alojzy Kaczmarczyk- kierownik Doradczego Komitetu Politycznego przy II ZG WiN, Jan Kot- kierownik „Biura Studiów” BW WiN, Mirosław Kowalski- redaktor podziemnego czasopisma „Informator”, Wiktor Langer- kierownik działu informacji i propagandy BW „Obszaru Południowego WiN”, Henryk Munch- archiwista Biura Studiów BW WiN, Józef Ostafin- członek DKP przy II ZG WiN, Eugeniusz Ralski- kierownik wywiadu BW Obszaru Południowego WiN, Stefan Ralski- szef łączności zewnętrznej BW Obszaru Południowego WiN, Walerian Tumanowicz- kierownik akcji „Ż”, Tadeusz Wilczyński- łącznik i „punkt kontaktowy” BW WiN z ambasadą USA.
Oprócz działaczy WiN, w roli współoskarżonych stanęli działacze PSL: Stanisław Mierzwa- prezes Wojewódzkiego Zarządu PSL w Krakowie i zastępca sekretarza generalnego NKW PSL”, Mieczysław Kabat- sekretarz Zarządu Okręgu PSL Małopolska i Śląsk, Jerzy Kunce- działacz PSL, skarbnik Funduszu Oświatowego im. śp. Wincentego Witosa, Karol Starmach- prezes Koła Grodzkiego PSL w Krakowie, Karol Buczek- redaktor naczelny tygodnika „Piast”.
Proces ten otworzył nowy etap w walce komunistów przeciwko opozycji, gdyż do tej pory nie atakowano w centralnych procesach pokazowych AK, jak również nie zwracano ostrza przeciwko legalnie działającym partiom: PPS i PSL. Sprawie przewodniczył Romuald Klimowiecki, obrońcą oskarżonych był dobrze znany w tych czasach prawnik- Mieczysław Maślanko, który również w następnych latach wzmożonego terroru i rozpraw z opozycją, będzie stał po stronie działaczy niepodległościowych. Oskarżycielem był Stanisław Zarakowski- przy tej okazji warto uwzględnić fakt, że prawdopodobnie autorem aktu oskarżenia w tej sprawie był partyjny ideolog- Roman Werfel, a miał pomagać mu sam Jakub Berman.
Udział prezesa Niepokólczyckiego w procesie był niezbędny, jeszcze ważniejsze wydawało się być jego pozyskanie na rzecz komunistycznej dyktatury. Jak wspomniano wcześniej, nie uległ on żadnym naciskom. Dobrze oddaje to fragment listu dotyczący taktyki postępowania podczas śledztwa i procesu: „Zdecydowałem się walczyć postawą, bo tylko w ten sposób dokona się aktu polityczno- propagandowego, który będzie zrozumiały w społeczeństwie. Żadnych dyskusji ideologicznych z prokuratorem- bo się w nich przegra…”. Na „Teodora” próbowano wpłynąć, zatem w inny sposób. Przysyłano do jego celi stenogramy zeznań innych oskarżonych, także samego Rzepeckiego, pozwalano mu spotykać się z dawnymi podwładnymi. Byli oni zapewne inspirowani przez naczelnika Wydziału Śledczego MBP-Józefa Różańskiego, który osobiście sprawował pieczę nad ta sprawą, by swymi zeznaniami Niepokólczycki nie atakował istniejącego systemu. Wówczas postanowił on na procesie zastosować metodę ciągłych niedomówień, na każdy możliwie temat związany ze sprawą. Jednak i to nie zniechęciło komunistów, znaleziono nową metodę nacisku na prezesa II ZG WiN. Otóż jego zeznania( głównego oskarżonego!), przesunięto na sam koniec rozprawy. W ten sposób został już obciążony przez poprzednie zeznania współoskarżonych. Oczywiście UB próbowało ingerować w zeznania oskarżonych, jednak na podstawie zachowanych źródeł nie sposób ustalić, w jakim stopniu się to odbywało. Jednakże, poza ideologicznymi wtrętami w zeznania, stosowano też inne chwyty propagandy komunistycznej. Zeznania przy odpowiednim zestawione w odpowiednim świetle, oskarżony, który składa tzw. „samokrytykę”, wystarczyły w zupełności. Oczywiście koronnym dowodem według komunistycznego wymiaru sprawiedliwości było przyznanie się do winy, więc do tego władze dążyły, gdyż uznawały w przypadku przyznania się oskarżonego do zarzucanych mu czynów, dalsze działania mające ustalić winę, za niekonieczne. Oczywiście nie można tutaj odnosić takiego działania za takie samo podczas każdego procesu pokazowego, nie mniej istniał taki trend. Ingerencję komunistów w proces krakowski dobrze ukazuje sprawa zeznań E. Bzymka- Strzałkowskiego. Otóż przy jego zeznaniach, Roman Werfel podkreślał, że krytyka jego działalności polegała na tym, że „o niej szczegółowo i konkretnie mówi”.
Mimo, że proces krakowski zwany był „procesem II ZG WiN”, i większość oskarżonych było działaczami WiN, jednak drugim poważnym celem komunistów, było uderzenie w PSL, stąd na ławie oskarżonych obok winowców, działacze tego stronnictwa. Pozwoliło to ówczesnej propagandzie na manipulowanie społeczeństwie, bowiem starano przedstawić proces, jako niebezpieczne powiązanie legalnie działającej partii z podziemiem politycznym. Warto wymienić kilka wątków pobocznych, którymi kierował aparat władzy w walce z WiN i PSL.:
W stosunku do WiN- ukazanie organizacji jako :
- działającej za obce pieniądze, w interesie obcych, wrogo nastawionych do Polski „ludowej” państw.
- podczas okupacji mającej współpracować z gestapo i hitlerowskimi Niemcami.
- utrzymującej związki z UPA.
- niebezpiecznej, bo mającej likwidować działaczy demokratycznych, lewicowych oraz funkcjonariuszy UB, MO i ORMO oraz wojskowych.
- pozbawionej wszelkiej ideologii, czyli w ówczesnej retoryce nazwanie jej zwykłą „bandą”.
Następnie, w stosunku do PSL:
- powiązanie z WiN, czyli „zbrodniczą bandą”
- ukazanie WiN jako podziemnej, konspiracyjnej ekspozytury PSL, lub nawet jako jej bojówki.
- przygotowanie gruntu do ostatecznej rozprawy ze Stanisławem Mikołajczykiem.
Rozprawa trwała prawie miesiąc, od 11 sierpnia, do 10 września 1947 r., w tym czasie sąd zebrał się 19 razy. W wyniku orzeczenia sądu, zasądzono następujące kary:
- F. Niepokólczycki, E. Bzymek- Strzałkowski, A. Kaczmarczyk, J. Kot, W. Langer, J. Ostafin, E. Ralski, W. Tumanowicz zostali skazani na karę śmierci,
- M. Kowalski skazany został na dożywotnie więzienie,
- W stosunku do K. Buczka, H. Muncha zasądzono kary 15 lat więzienia,
- Na 10 lat więzienia skazali zostali: S. Mierzwa, S. Ralski, K. Starmach,
- M. Kabat został skazany na 6, a T. Wilczyński na 5 lat więzienia, wobec J. Kuncego umorzono postępowanie na mocy przepisów o amnestii z 22 lutego 1947 r.
Warto dodać, iż sąd skazując oskarżonych na powyższe kary, w stosunku m. in. do Niepokólczyckiego uznał, że w wyniku „wybitnej przestępczej działalności, oskarżony na ułaskawienie nie zasługuje”. Tym bardziej ciekawym staje się motyw, jakim kierował się ówczesny prezydent Bolesław Bierut, podejmując decyzję o ułaskawieniu z 6 listopada 1947 r. W jej wyniku zamieniono F. Niepokólczyckiemu, E. Ralskiemu, J. Kotowi oraz W. Langerowi karę śmierci na dożywotnie więzienie, E. Bzymkowi-Strzałkowskiemu karę dożywotniego więzienia na 15 lat pozbawienia wolności. Tak orzeczony wyrok uznano za prawomocny z dniem 9 października 1947 r. Zasądzone wcześniej kary śmierci, w stosunku do A. Kaczmarczyka, J. Ostafina i W. Tumanowicz wykonano 13 listopada 1947 r., w więzieniu przy ul. Montelupich w Krakowie.
Pułkownik Niepokólczycki więziony był we Wronkach i Szczecinie, będąc przez cały czas swym ideałom, nie chciał pisać próśb o łaskę, swej żonie Annie również podobnych prób zakazał. Postanowieniem Wojskowego Sądu Garnizonowego (WSG) w Krakowie, 9 maja 1956 na podstawie ustawy o amnestii z 27 kwietnia 1956 r., karę złagodzono do 12 lat więzienia. Następnie WSG udzielił 20 grudnia 1956 t. przerwę w odbywaniu kary na okres 6 miesięcy. Postanowieniem Sądu Warszawskiego Okręgu Wojskowego (WOW) z 14 czerwca 1947 r., udzielono przerwy w odbywaniu kary na okres kolejnych 6 miesięcy. Postanowieniem Sądu WOW z 10 grudnia 1957 r., udzielono przerwy w odbywaniu kary na kolejne 2 miesiące. Do więzienia już nie powrócił.
Groźna legenda pułkownika NiepokólczyckiegoJego kondycja po wyjściu z więzienia była zła. Jego kolega stwierdził w stosunku do Niepokólczyckiego, że z więzienia wyszedł „wycieńczony szkielet”. Schorowany pułkownik musiał poruszać się o lasce. Zamieszkał w podwarszawskim Milanówku, później zaś w Brwinowie (woj. mazowieckie). Zajął się pracą w Stowarzyszeniu Wynalazców Polskich, a także pracą spółdzielczą w Spółdzielni Pracy „Technomontaż”. Działał także w Spółdzielni Inwalidów i Emerytów Kolejowych. Jak jeden z jednostek dla władzy niebezpiecznej, został objęty inwigilacją SB. Sprawa prowadzona przeciwko niemu nosiła kryptonim „Wino”. Władza komunistyczna nadal nie dawała mu spokoju, został otoczony agenturą. Pułkownik nie zdawał sobie zapewne sprawy, że wśród najbardziej aktywnych w jego sprawie konfidentów był jego przyjaciel, oficer ZWZ – AK, Zygmunt Augustowski (TW „Bross”). Stosowano wobec niego również inne środki operacyjne: podsłuchiwano jego rozmowy telefoniczne, przeglądano korespondencję, obserwowano.
Jak już wspomniano, Niepokólczycki był wyjątkowym człowiekiem, do końca starał się o realizowanie swych wizji, niezłomny wobec działań komunistycznego aparatu represji. Ocenę jego zachowania dobrze oddaje raport SB z 1958, w kilka miesięcy po wyjściu pułkownika z więzienia: „ Jego zdaniem legenda AK istnieje, rośnie i będzie rosła. Nie potrafią temu zapobiec czynniki rządowe, bez względu na stosowane środki”. Po wyjściu z więzienia zajął się też pracą na rzecz swych dawnych żołnierzy, odcinając się jednak od jakiejkolwiek konspiracji, oddając się pracy charytatywnej. Współpracował z prymasem kardynałem Stefanem Wyszyńskim, organizował samodzielnie dopływ środków finansowych z Zachodu dla żołnierzy AK. Był jednak zwolennikiem pomocy wyrażanej w sposób organizacji środków i warunków do zapewnienia utrzymania, nie zaś donacji finansowych.